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約４万平方メートルに及ぶ敷地は、元々は足利氏の館（やかた）であり、現在でも、四方に門を設け、土塁と堀がめぐらされており、平安時代後期の武士の館の面影が残されている。またこの事から「史跡足利氏宅跡」として、大正１０年３月に、国の史跡に指定されており、現在では「日本の名城百選」にもなっている。
寺院としては、鎌倉時代初期、１１９６年（建久７年）源姓足利氏２代目の足利義兼(よしかね)が発心得度し、邸宅内に持仏堂を建てたのが始まりとされる。義兼死後、その子義氏が建立した本堂は、１２２９年に落雷により、焼失したが、足利貞氏が禅宗様式を取り入れ改修した。日本としては禅宗様式への転換期の最初期にあたる。
鎌倉時代から室町時代にかけて寺院として次第に整備され、室町将軍家、鎌倉公方家などにより、足利氏の氏寺として手厚く庇護された。
境内には、本堂のほかにも、鐘楼（しょうろう）、一切経堂（きょうどう）が国の重要文化財、東門、西門、楼門（ろうもん）、多宝塔（たほうとう）、御霊屋（おたまや）、太鼓橋（たいこばし）が栃木県指定の建造物で、その他、市指定の建造物も多数あり、その他建造物以外にも、彫刻や文書、美術工芸品など、中世来の貴重な宝物類も多数残され、今に伝わっている。
また市民の方々には古くより「大日様」と呼ばれている。
鑁阿寺境内には複数の地域猫がおります。噛む猫もおりますので、触らずに見守ってください。※※※※※ご注意※※※※※
